Effectivement sur Gimp il y a aussi un sélectinneur de zone et une baguette magique mais j'ai testé, ça ne prend que sur le premier calque....Après j'ai fait fusionner les 2 mais dans ce cas, ils sont indifférenciés ...enfin je ne vois pas trop ce que ça change.....
On va bien trouver

est-ce que c'est possible de :
-sélectionner avec la baguette magique sur le premier calque (celui avec les contours)
-cliquer sur le second calque
-et que la sélection reste sélectionnée comme sur le premier?